Die Region erstreckt sich entlang des Adriatischen und des Ionischen Meers. Mit der Punta Palascìa erreicht die Küste bei Otranto den östlichsten Punkt Italiens, der nur noch 80 km von der albanischen Küste entfernt ist.
Das Gebiet besteht zu 53,3 % aus Ebenen, zu 45,3 % aus Hügelland und zu 1,5 % aus Gebirge. Damit ist Apulien die flachste Region Italiens. Das einzige Gebirge, die Monti della Daunia bilden die Grenze zu Kampanien und erreichen im Monte Cornacchia 1152 m Höhe.
Das Klima bietet milde Winter und heisse Sommer.